纳豆与豆豉的发酵工艺是不一样的，尤其最重要的一点，它们发酵的菌是不一样的。豆豉的发酵菌主要是毛霉菌、根霉菌和曲霉菌；而纳豆发酵是另外一个菌种，人们将它命名为纳豆菌（草芽孢杆菌纳豆菌亚种）。
（图：豆豉的发酵菌）
（图：纳豆的发酵菌）
纳豆里面含有溶栓激酶，溶栓激酶能改善血液的流变性，防止血栓形成。
豆豉发酵后也含有溶栓激酶，但是溶栓激酶的含量要少于纳豆。不过豆豉含有另外一些营养物质，如：白藜芦醇、B族维生素等。